Il Museo Archeologico Paolo Giovio è la sede centrale dei Musei Civici. Il museo è ospitato nel palazzetto Giovio di impianto rinascimentale, rimodellato nel Settecento dalla nobile famiglia comasca. Al piano terra è allestito il lapidario romano: manifestazioni della vita pubblica e familiare degli abitanti della città di Novum Comum. Al primo piano è allestita la sezione dedicata al collezionismo archeologico ottocentesco con materiali egizi, vasi greci, bronzetti e gemme romane. Il percorso prosegue con le sezioni dedicate all'archeologia del territorio in cui si instaura un costante rimando tra gli oggetti esposti e i luoghi dei ritrovamenti: si inizia con Preistoria e Protostoria, per poi arrivare alle sezioni Romana e Altomedievale. Al museo fa capo il Laboratorio di Archeobiologia, un centro di fama internazionale di ricerca e divulgazione dove vengono studiati i reperti vegetali e animali e i resti umani provenienti dagli scavi archeologici.
